目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸鈉、面粉、葡萄糖、生物質(zhì)碳源及污泥水解上清液等。在使用過程中，需要根據(jù)實(shí)際工程情況選擇合適的碳源。

　　碳源:糖類(淀粉、葡萄糖、蔗糖等)、油脂(動、植物油)、有機(jī)酸(琥珀酸、檸檬酸、乳酸、乙酸等)和低碳醇(甲醇、乙醇等).

　　糖類:葡萄糖,所有的微生物都能利用葡萄糖,但是會引起葡萄糖效應(yīng)

　　糖蜜,是制糖生產(chǎn)時(shí)的結(jié)晶母液,它是制糖工業(yè)的副產(chǎn)物.主要含有蔗糖,總糖可達(dá)50%～75%.一般糖蜜分甘蔗糖蜜和甜菜糖蜜葡萄糖蜜.

　　淀粉、糊精,缺點(diǎn)：難利用、發(fā)酵液比較稠、一般>2.0%時(shí)加入一定的α-淀粉酶.成分比較復(fù)雜,有直鏈淀粉和支鏈淀粉等等.優(yōu)點(diǎn)：來源廣泛、價(jià)格低,可以解除葡萄糖效應(yīng).